Die Gründung des Zentrums für Gartenkunst und Landschaftsarchitektur geht auf eine Initiative in den 1990er Jahren zurück. 1996 hatten Prof. Dr. Dieter Hennebo, Prof. Günter Nagel in Kooperation mit Prof. Dr. Hubertus Fischer und Prof. Dr. Kaspar Klaffke die Tagung „Das künstliche Paradies. Gartenkunst im Spannungsfeld von Natur und Gesellschaft“ organisiert – gefördert von der Stiftung Niedersachsen. Daraus resultierte eine Forschungsstelle für Gartenkunst und experimentelle Landschaftsarchitektur am Institut für Landschaftsarchitektur. Es war die Vorläuferin des heutigen CGL.
Die eigentliche Gründung geschah 2001 bei der Tagung „Project Herrenhausen – International Workshop for the Conceptualisation of a Centre for Garden Art and Landscape Architecture“, die die VolkswagenStiftung unterstützte. Bei dieser Zusammenkunft entwickelten die Beteiligten das dem CGL zugrunde liegende Konzept. Die Fachbereiche Landschaftsarchitektur und Umweltentwicklung sowie Architektur der Universität Hannover beantragten anschließend einen institutionellen Rahmen für das Zentrum für Gartenkunst und Landschaftsarchitektur. Am 19. Juni 2002 beschloss der Senat der Universität, das CGL als fachbereichsübergreifende Einrichtung der Universität Hannover einzurichten.
Seit 2009 zählt es zu den Leibniz-Forschungszentren der Universität. Geleitet wurde das CGL über 22 Jahre von Prof. Dr. Joachim Wolschke-Bulmahn, der 2021 emeritierte. 2023 hat Prof. Dr. Inken Formann das Lehr- und Forschungsgebiet "Geschichte der Landschaftsarchitektur und Gartendenkmalpflege" am Institut für Landschaftsarchitektur der LUH übernommen und ist mit diesem Amt die Vorsitzende eines neu konstituierten CGL-Vorstandes. Mit dem personellen Wechsel haben sich die Schwerpunkte des Zentrums verlagert.
